В вузе, при поступлении я оставляю оригиналы под подпись и они их держат до 6 числа? А если мне понадобятся оригиналы ещё куда-то, как быть?
А куда еще они могут понадобиться? При поступлении на бюджет они обязательны, при поступлении на контракт - достаточно копий и справки где лежат оригиналы.
Я на контракт, там только копии давать, оригинал ы они не имеют права? Просто на сайте написано оригиналы, может они что-то путают
Нет, ну в одном месте ваши оригиналы должны остаться-то! 
Если это не бюджет, подаем оригиналы, тут же заверяем копии (в ПК), берем справку, что оригиналы лежат тут - и идем в другое место, тоже на контракт, с копиями и оригиналами.
Другой вопрос сейчас с теми, кто поотдавал свои оригиналы в непонятные места еще две недели назад, а теперь пытается их забрать! 
Тут, конечно, “немножко неприятно получилось”. Но - тоже отдадут, никуда не денутся. Максимум, 10 дней еще могут задержать, по письменному обращению. К тому времени поступление на контракт еще не закончится. Еще месяц будут зачислять на контракт.