Могут ли ВУЗы вносить коррективы в предметы

Могут ли ВУЗы выбирать если МОН предоставило выбор на третий предмет из трёх предметов, а ВУЗ поставит из двух например и кто устанавливает пороговый бал подачи и какой он максимальный? И кто выбирает учитывать ли бал аттестата при поступлении на специальность или нет?

Вузу дано право менять условия приема в деталях. Но - в сторону ужесточения, а не упрощения. Некоторые вольности возможны только для контрактников и/или приоритетные специальности.
В общем случае, на основании общих Условий приема, вуз разрабатывает, принимает и легализует в МОН собственные Правила приема, по которым и принимает абитуриентов. Так что о деталях приема по каждому вузу надо смотреть его Правила приема, опубликованные у него на сайте. Они там должны быть - обязательно. И вот то, что написано в Правилах приема, вот так вуз и будет принимать. И не факт, что похожий вуз в другом городе на эту же специальность будет принимать - так же. У него - свои Правила приема :wink:

Например на медицину первый укр мова потом математика, а на выбор физика, биология, химия, может ли ВУЗ изменить это как то?

Если это написано в Правилах приема 2021 вуза - на 99% это меняться уже не будет.